内蒙古自治区档案馆于1959年4月成立，为省级一类综合档案馆，主要负责集中管理自治区级党政机关、人民团体及企业事业单位档案。2001年8月，同自治区档案局合并，挂内蒙古自治区档案局、内蒙古自治区档案馆两块牌子。2018年机构改革后，档案行政职能划入自治区党委办公厅，自治区党委办公厅加挂自治区档案局牌子。自治区档案馆为自治区党委直属公益一类事业单位，参照公务员法管理，机构规格相当于正厅级，核定机关事业编制100名，设馆长1名，副馆长3名，内设13个处室；核定所属正处级公益一类事业单位1个，即内蒙古自治区档案教研服务中心，编制23名；设有内蒙古自治区档案学会，为非营利性社会团体，先后被命名为“自治区爱国主义教育示范基地”、“自治区直属机关党员干部廉洁文化教育基地”等。

内蒙古自治区档案馆贯彻落实党中央关于档案工作的方针政策和自治区党委相关决策部署，在履行职责过程中坚持和加强党的全面领导，坚决维护党中央权威和集中统一领导，主要职责是：贯彻落实档案管理有关法律、法规、规章，参与拟订全区档案工作业务标准、规范和相关政策并推动落实；受档案主管部门委托，研究拟订档案工作相关地方性法规、规章草案及档案事业发展规划，承担监督指导全区各级各类档案馆和机关、团体、企事业单位及其他组织、农村牧区档案业务工作相关行政辅助性工作，开展档案行政执法相关行政辅助性工作；承担列入进馆范围档案资料的收集工作，对相关单位档案业务工作进行规范，负责馆藏档案资料的整理、鉴定、保管、利用、统计等工作；承担全区档案信息化建设相关工作，组织开展电子档案、档案数字化成果的接收和技术指导工作；承担全区档案专业教育培训工作，推动档案专业人才队伍建设，在自治区职称评审委员会核准备案名单有效期内，承担全区档案专业技术职务评审相关工作；按规定开展档案保护和科学研究、档案科技成果验收和转化应用工作；承担档案宣传、研究、出版相关工作，开展档案陈列展览、编纂档案资料，为相关部门开展工作提供档案服务；完成自治区党委交办的其他任务。

内蒙古自治区档案馆于2001年设计，2003年开建，2007年投入使用。总建筑面积25427.25平方米，档案库房建筑面积5401.03平方米，对外服务用房建筑面积8223.64平方米，展厅面积3940.13平方米。截至目前，馆藏档案资料142.90万卷（件、册、盘、张），其中纸质档案66.89万卷、资料19.10万册。截至2023年年底，馆藏纸质档案应数字化率为90.5％。